در طول حكومت معاويه ، سليم فعّاليت علمى خود را ادامه داد و بدعتها و جنايات معاويه ، و نيز اقدامات او در وضع و تحريف احاديث را به دقّت در كتابش ثبت كرد . سليم در زمان امام حسين عليه السّلام پس از شهادت امام مجتبى عليه السّلام ، سليم از ملتزمين و خواصّ اصحاب حضرت سيّد الشهداء عليه السّلام بود ، و سن او در اين هنگام حدود 50 سال بود . از سال 49 هجرى كه زياد از طرف معاويه حاكم كوفه شد سليم توانست با تقيّهء كامل خود را از شر او حفظ كند ، و حتّى با ايجاد ارتباط مخفيانه با نويسندهء زياد ، نامهء سرّى معاويه را استنساخ كرد و آن را بعنوان يك سند تاريخى مهم ثبت كرد كه احدى غير از سليم بر آن دست نيافته است . در سال 50 هجرى كه معاويه به بهانهء حج به مدينه آمده بود ، سليم هم از كوفه به مدينه آمد و گزارشى از سفر معاويه به مكه و مدينه و اقدامات او بر عليه شيعه تهيه كرد . در سال 58 هجرى ( دو سال قبل از مرگ معاويه ) ، امام حسين عليه السّلام در منى بيش از 700 نفر از صحابه و تابعين را جمع كرد و براى آنان خطابهاى بر عليه معاويه ايراد كرد . سليم در آن مجلس حضور داشت و فرمايشات حضرت را بطور كامل در كتابش نوشت . در اين ايام بيش از شصت سال از عمر سليم مىگذشت . در سال 61 هجرى كه مصيبت عظمى يعنى شهادت امام حسين عليه السّلام اتّفاق افتاد ، در صفحات تاريخ مطلبى از احوال سليم ديده نمىشود . به احتمال قوى او هم از زندانيان ابن زياد بوده است كه نتوانستند امام عليه السّلام را يارى كنند . سليم در زمان امام زين العابدين و امام باقر عليهما السّلام پس از شهادت حضرت سيّد الشهداء عليه السّلام سليم از اصحاب امام سجّاد عليه السّلام گرديد و در حضور آن حضرت خدمت امام باقر عليه السّلام را هم كه در سنين هفت سالگى يا بيشتر بودند درك كرد .